文摘

微生物Metabarcoding强调不同的细菌和真菌的数量

作者(年代):Sudhansu Sekhar智利的

全球化产生重大影响种子、水果和蔬菜贸易和流动,造成的经济损失由于引入跨界植物感染。目前的诊断程序是一个有用的和精确的工具,制定监测方案对某些生物,但他们非常有针对性,而metabarcoding和猎枪宏基因组可能会利用同时检测所有已知的疾病以及潜在的小说。本文的目标是展示的当前状态高通量测序(高温超导)诊断真菌植物病原真菌和细菌,讨论必须克服的挑战,并提供指导的发展方法检测少量的相关类群(特定监测)或所有的微生物出现在一个示例(一般监测)。高温超导的方法,尤其是metabarcoding,可能有利于监控土著,seedborne,,并更容易通过空气传播的疾病,以及寻找新的病原体和确定疫情的起源。Metabarcoding和猎枪宏基因组还有很多改进的空间,但这个问题可以通过仔细选择引物和有限的生物信息学算法。的使用宏基因组解决关键领域的植物病原体识别和监测在植物材料和商品将大大加速由于生物信息学的发展。