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单分子生物物理实验硅片:replisome的物理模型

作者(年代):爱德华·詹姆斯

生物分子动力学计算模型通常用于帮助解释单分子调查。在不久的将来,有可能完全取代一些测试与计算模拟的扩张计算权力和正在进行的验证计算模型。在这里,利用dna结合蛋白质作为模型例中,我们提供了一个指南在网上进行单分子研究。我们展示了一个粗粒度的建设模型用于模拟类似单分子的原子论的模拟,可以引导的调查通常限制在毫秒级的时间和zeptoliter卷。我们使用模型在计算机模拟蛋白质和DNA替换实验和force-extension描述蛋白质绑定单链DNA,给我们一个明确的底层机制。最后,我们模拟的长号循环复制叉,相当复杂的蛋白质和DNA,使用模型。单个生物分子和生物分子的物理和生化特征组件可以通过单分子特征研究,以揭示重要生物功能的细节机制然而,只有少量的自由度可以同时探测工作的大多数实验方法单个生物分子,如力量光谱学和荧光显微镜